후두내시경은 비교적 간단하고 안전한 검사로, 일반적으로 심한 통증은 없고 국소마취제 분무 후 시행되기 때문에 주로 이물감이나 약한 불편감 정도만 느끼게 됩니다. 검사 중 코를 통해 내시경이 들어갈 때 약간 따끔하거나 눈물이 날 수 있고, 목 뒤로 넘어갈 때 일시적인 구역반사가 생길 수 있으나 대부분 수십 초에서 1~2분 내에 끝납니다.
임상적으로는 실제로 가시가 남아 있는 경우보다 점막에 긁힌 뒤 이물감만 지속되는 경우가 더 흔하며, 이런 경우 내시경에서도 특별한 이물은 보이지 않고 1일에서 3일 정도에 걸쳐 자연 호전되는 경우가 많습니다. 다만 삼킬 때 통증이 점점 심해지거나 특정 부위에 찌르는 듯한 통증이 지속되는 경우에는 이물이 남아 있을 가능성이 있어 내시경 확인이 필요합니다.