금융인증서는 서명이나 인감도장과 같은 역할을 하는 전자서명생성정보가 특정 개인에게 유일하게 속한다는 사실을 확인하고 이를 증명하는 전자적 정보다. 금융인증서는 금융결제원의 클라우드 저장소에 발급 · 보관되고 금융 거래를 포함한 온라인 전자거래 시 이용자 신원을 확인하거나 전자서명에 사용한다. 이용자는 특정 서비스에 로그인하거나 전자거래를 할 때 클라우드에 접속하여 본인임을 확인할 수 있고 전자서명으로 이를 검증받는다.
금융인증서는 이용자의 실지명의1)(이하 ‘실명’) 확인을 거쳐야 하고, 이용자의 개인키로 생성한 전자서명을 이용자의 공개키로 검증한다는 점에서 공동인증서와 인증서 발급 및 인증 체계가 동일하다. 그러나 개인용 컴퓨터(PC) 또는 유에스비(USB), 스마트폰에 보관하는 공동인증서와 달리, 금융인증서는 금융결제원의 클라우드 저장소에 인증서를 발급․보관한다. 인증서의 복사와 이동이 불가능하여 인증서 도용 및 분실 우려가 없고 다양한 기기에서 자유롭게 이용할 수 있다. 여섯 자리 간편 비밀번호 또는 지문, 안면, 패턴 등을 이용해 빠르고 간편하게 개인의 신원을 확인하거나 전자거래에 대한 인증에 사용할 수 있으며 유효기간도 3년으로 기존 공동인증서에 비해 길다.