탄력적 근로시간제 운용에 대하여 문의 드립니다.

저희 회사가 현제 당비휴 근무를 하고 있습니다. 근무는 오전 09시 출근하여 익일 09시에 퇴근을 하며, 휴게시간은 4시간이며, 그 4시간은 근무 시간에 포함하지않고 있습니다.

1일 총 근무시간은 20시간이며, 주 2일 근무가 발생되고, 한달중 1주에 3일의 근무가 발생하는경우가 생기는데. 이를 3개월 단위 탄력적 근로시간제 적용하여 운용한다면 법적문제가 있을까요??