일반적으로 조선 시대에 이승훈이 18세기에 로마 가톨릭교회 신앙을 처음 들여올 때부터 한국의 기독교 역사가 시작되었다고 합니다. 하지만 근래 들어 기독교 교단 명칭에서 알 수 있듯 개신교라는 단어를 거의 사용하지 않고 기독교라고 말하며 천주교는 가톨릭과 병행하여 사용합니다.
우리나라에는 천주교 조선 후기 서학의 일부로 유입되나 개신교는 늦게 들어옵니다. 가장 먼저 1832년 유대계 독일인 루터교 목사 칼 귀츨라프가 중국에서 선교활동 중에 조선의 소식을 듣고 개인자격으로 영국 동인도회사 소속의 1000t급 로드 암허스트호에 의사 겸 통역사로 승선하여 들어와 25일 머물다 돌아갑니다. 1866년 영국인 개신교 목사 로버트 저메인 토마스가 제너럴셔먼호 사건으로 순교합니다.
1882년 조미수호통상조약이 체결되면서 합버적인 선교 활동이 가능해져 아펜벨러, 언더우드 등 많은 선교사들이 들어옵니다.