수입후 국내 판매, 부가세 청구시 2중과세 논란

저는 A사업자(개인) 이며 중국에서 제품을 5천만원어치를 구매하여, 수입 통관시 부가세를 500만원을 납입하였습니다.

최초 자금이 부족하여 B사업자에게 5천5백을 선금을 받았습니다.

수입한 물건을 B사업자에게 6천만원에 판매하였고 계산서를 6천만원+부가세 600만원으로 발행 하였는데, B사업자는 저에게 수입할때 부가세를 지불했고, 다시 부가세를 받으면 이중공제가 된다 합니다.

저는 수입이든 국내든 구입시 계산서 발행할때 부가세 10%는 항시 별도라고 얘기하고 있으며, 수입을 한것도 통관을 한것도 A사인데 왜 B사가 2중 공제가 되냐고 묻고 있는 상황이구요, B사는 제가 선금으로 받은 돈을 제외한 차액분에 대한 500만원에대한 부가세 10% 50만원을 주고 나머지는 환급예정이고, 수입신고서로 대체 하라는데 이게 무슨 말인지 이해가 되지 않습니다.

정리

1. A사업자는 중국에서 물건을 5000만원어치 구매
2. 돈이 부족하여, 판매처 B사에게 5500만원을 빌림
3. 수입통관은 A사로 진행함.
4. B사에게 6000만원에 물건을 판매함.
5. A사는 B사에 세금계산서 6000만원 +600만원 청구
6. B사는 부가세 2중 부과라 차액분만 준다고함
7. 부가세 : 매출세액 - 매입세액 = 부가가치세 아닌가요?
8. A사가 B사에 6000만원에 물건을 판매하면 계산서를 6000만원 + 부가세 600만원 = 6600만원으로 하면 안되는 건가요?
9. 이후 차액을 입금 한다면 6600-5500=1000만원(부가세 포함) 입금 하는게 맞는지 문의 드려요