작년에 제출한 중도퇴사자 근로소득 지급명세서 수정할 수 있나요?

작년 2월말 퇴사자가 있어서 8월에 근로소득 지급명세서를 수시제출하였습니다.

그리고 연말정산을 위해서 확인해보니, 총급여에 비과세 금액이 들어가 있어서 수정하려고 하니

수시제출이 막혀서 할 수 없고, 정기제출에 합산해서 제출하려고 하니 중복신고가 되어서 안된다고 합니다.

이런 경우엔 어떻게 해야 하나요?