그리스 지역은 로마 비잔틴 제국에 의해 오랫동안 지배를 받았습니다. 하지만 11세기 이후 튀르크계 세력(셀주크, 오스만 제국)이 등장해 지역의 주도권이 바뀌었고, 오스만 제국은 1453년부터 약 400년간 그리스를 지배했습니다.
그리고 19세기 독립 전쟁, 20세기초 그리스-튀르키예 전쟁을 거치며 두 나라는 치열한 충돌을 겪었습니다. 1923년 로잔 조약 이후에는 종교를 기준으로 대규모 인구 교환이 강제적으로 이루어지기도 했습니다. 이는 두 나라에 깊은 상처로 남겼습니다.
두 나라는 에게해의 섬, 해양 경계, 키프로스 등 영토와 해양 자원을 놓고 지금도 계속하여 충돌하고 있습니다.