조선시대 초반에도 왜구의 침입은 이어졌습니다. 그러나 15세기 중반 이후로는 일본이 무역을 통해 조선과의 관계를 유지하려는 노력을 하면서 왜구 침입은 점차 줄어들었습니다.
그러나 임진왜란(1592-1598) 이후로는 조선은 일본과의 외교적인 대응을 강화했습니다. 특히, 이 기간 동안 일본의 전국시대가 끝나고 이에 따라 중앙 집권 체제가 강화되었는데, 이는 일본의 해적 활동을 억제하는데 큰 역할을 했습니다. 따라서 이후 왜구의 활동은 크게 줄어들게 되었습니다.
조선 후기에는 다시 일부 해적 활동이 있었지만, 이들은 고려시대나 조선 초기의 왜구들만큼의 위협을 가하진 않았습니다. 이는 조선이 해안 방어 체제를 강화하고, 또 일본 정부도 이러한 해적 활동을 강력하게 제재했기 때문입니다.
따라서, 고려시대에 비해 조선시대의 왜구 활동은 상대적으로 덜 활발했으며, 특히 임진왜란 이후로는 크게 줄어들었다고 볼 수 있습니다.