사업자단위과세 사업장관련 문의입니다.

현재사업자단위과세 사업장입니다. 종사업장을 신규로 설치한뒤에 사업자등록증 에 종사업장 추가를 하게되어있는데, 추가를 하지않고 본점 사업자로 운영했을때 세무상 불이익이 있는지요?