교과서적으로는 헬리코박터균 감염증에 걸린 환자들이 반드시 치료를 받아야 하는 경우는 아니기는 합니다. 대한소화기학회의 지침에 따르면 위궤양, 십이지장 궤양, 조기 위암, 변연부 B 세포 림프종 등의 환자들은 치료가 필요합니다. 특히 위암 환자의 직계가족, 철 결핍성 빈혈, 혈소판 감소증 등의 환자들은 헬리코박터 박멸 치료가 권장됩니다.
그러나 임상적으로는 "헬리코박터균이 있는 것은 알아버린 이상" 치료하는 것을 권장드립니다.
치료가 어렵지도 않고 박멸함으로서 얻을수 있는 이득이 가만히 두었을때보다 훨씬 크다고 보기 때문입니다.
헬리코박터균 감염증의 치료는 해당 균을 제거하는 것입니다. 이를 위해 궤양 치료제와 항생제를 함께 사용합니다. 약을 1~2주 동안 복용한 후 대부분의 균이 사라집니다. 그러나 치료 후 4주가 경과한 후에는 세균이 완전히 제거되었는지 재검사를 해야 합니다.
헬리코박터균 감염으로 인한 만성 위염은 위 위축 및 위암 발병 위험을 증가시킬 수 있습니다. 헬리코박터균 감염 환자들은 일반인보다 위암 발병 위험이 더 높은 것으로 보고되었습니다. 위궤양이 부분적으로 뚫리거나 위가 천공되면 심각한 상황이 발생할 수 있으므로 적절한 치료가 필요합니다.