종합소득세 환급인경우 중소기업특별세액감면 적용이 되나요?

안녕하세요.

수입보다 경비가 더많아서 영업이익이 결손입니다.(-)

현재 업체는 중소기업특별세액감면 적용이 되는 사업장입니다.

중소기업특별세액감면이 적용되지 않아도 종합소득세 환급인 부분인데, 이럴경우에도

중소기업특별세액감면이 적용이 되나요?

아니면 환급이라 배제되는 부분인가요?