부가가치세법에는 대손세액 공제라는 제도가 있습니다.
부도나 파산, 형의 집행, 사망 등의 일정한 사유로 채권을 회수하기 불가능하다고 인정되는 경우 대손으로 인정되어 납부세액에서 공제하거나 환급을 받을 수 있게 됩니다.
질문자님의 경우 공급받은 자의 부도 발생 6개월 후 ~ 대략 5년 이내의 기간 내에 대손사실(부도 사실이나 재판 승소내역 등)을 입증하는 서류를 구비하시어 대손세액 공제를 신청하시면 억울하게 납부하신 부가가치세에 대해 공제 또는 환급을 받을 수 있을 것으로 보입니다.