연말정산 결과 환급금이 발생한 직원은 회사가 2월분 급여를 지급할 때 급여에 포함하여 지급하고, 회사는 납부할 원천징수세액에서 환급금만큼 차감하여 납부하는 것입니다. 다만, 환급금이 원천징수세액을 초과하는 경우 익월 납부할 원천징수세액에서 차감하거나 환급을 청구하는 경우 환급받을 수 있습니다.
국세청에서 환급을 받을 수도 있지만, 일반적으로 연말정산 이후 납부하는 원천세에서 연말정산 환급액을 차감하고 국세청에 납부합니다. 직접 환급을 받을 경우 번거로우며 절차도 1개월 이상 걸립니다. 어차피 계속 직원들의 원천세를 납부해야 하니, 미래에 납부할 원천에서 환급세금을 차감하고 납부합니다.
