근친혼은 유전적 질환의 발병 위험을 높일 확률이 높습니다. 대표적으로 근친혼으로 인해 열성 유전 질환이 발현될 가능성이 높습니다. 또한 면역력을 저하시켜 질병에 대한 저항력을 낮출 수 있습니다. 따라서 질병으로 인해 수명에도 부정적 영향을 미칠 수 있습니다.
신성로마제국의 합스부르크 가문은 근친혼으로 여러 유전질환이 발생했습니다. 가장 잘 알려진 유전 질환으로 합스부르크 립(하악 전돌증)입니다. 카를 5세와 그의 아들 펠리페 2세 등은 부정교합을 겪었습니다. 그로 인해 만성적인 위장 장애를 앓았습니다. 그리고 수명에도 영향을 미쳤는데, 스페인의 마지막 합스부르크 왕인 카를로스 2세는 심각한 건강 문제로 후사를 남기지 못했습니다.