전립선염은 소변 검사만 하여서는 정확하게 감별할 수 없습니다. 전립선염을 진단하기 위해서는 발열이나 혈뇨 등의 임상 증상과 함께 염증 수치의 상승, PSA 수치의 상승 등의 혈액 검사 소견, 소변 검사에서 백혈구가 검출되는 등의 소견을 통해서 종합적으로 진단을 하여야 합니다. 소변 검사 단독으로는 진단할 수 없으며, 그냥 주사를 맞는다고 확인이 가능하지 않습니다.
전립선액, 소변 혹은 정액에서 세균과 백혈구의 증가를 확인하여 진단할 수 있으며 배양검사에서 균이 자라면 세균성으로 진단하게 됩니다. 검사 결과 위음성으로 나타날 수 있기 때문에 반복 검사가 필요할 수 있습니다. 유사한 증상을 유발하는 질환들을 배제하기 위해 혈액검사나 영상의학 검사 또는 내시경 검사를 시행할 수도 있지만 만성 전립선염에서는 대개 정상 소견을 보이는 경우가 많습니다 .