사업자단위과세없이 지점사업자를 안내고 지점운영이 가능한가요?

저희 회사와 거래하고있는 법인이 본사는 서울이고 매장을 운영하고있는건 타 지역입니다.

저희 회사같은경우는 사업자단위과세를 하지 않기때문에 타 지역에서 운영 시 항상 사업자등록을 내는데

이번에 저희와 거래하는 업체중 한 곳이 사업자 단위과세도 아니면서 지점사업자를 내지 않는다고 합니다.

여태까지 매장운영하면서 항상 지점사업자 발행없이 본사로만 세금계산서를 받아서 운영해왔다고 하더라구요.

이런경우에 저희회사 입장에서는 아무런 문제도 없는건지 궁금합니다.