신협이나 새마을금고의 경우에는 예금보험공사로부터 예금자보호를 적용받지 못하는 것은 사실이에요. 하지만 이 기관들은 별도로 중앙에서 예금자보호기금을 운용하고 있어 지점이 부실화되는 경우에는 예금자보호기금을 통해서 동일하게 원금과 이자를 합산하여 최대 5천만원까지 보호기금을 지원하고 있어요
예금자보호는 각 금융기관별로 각각 적용되며, 제2금융권 상호금융인 새마을금고, 회원수협, 지역농축협, 신협, 산림조합 등의 경우 각 조합별로 각각 예금자보호가 적용됩니다.
단, 제2금융권 상호금융의 경우 예금자보호는 예금보험공사에서 지급 보증을 하는 것이 아닙니다. 제2금융권 금융기관의 해당 중앙회 혹은 관련 법규에 의한 중앙기관의 보호기금이 대신 보험금을 지급해주는 제도이며, 은행에 적용되는 예금자보호법과 예금보호한도 내용 등은 동일합니다.