우선 회사에서 개인 계좌에 퇴직금을 입금하는 경우 회사는 해당 부분에 대해 원천징수를 하고 난 뒤의 금액을 지급하게 됩니다.
그리고 irp계좌에 입금된 퇴직금을 인출하는 경우 퇴직연금사업자는 irp계좌에 입금된 금액 뿐만이 아니라 개인계좌로 받은 금액까지 합산하여 원천징수를 이행하고 회사가 이미 원천징수한 세액은 기납부세액으로 공제를 하게 됩니다. 퇴직연금사업자는 귀하가 회사로부터 퇴직금을 별도로 지급 받았음을 알기 어려우므로 원천징수 전에 해당 사실을 연금사업자에게 알려야 합니다.
만약 연금사업자가 irp계좌에 있는 금액에 대해서만 원천징수를 한 경우 귀하는 두 퇴직소득을 합산하여 5월말까지 종합소득세 신고를 진행하시면 되겠습니다.
회사에서 지급하는 퇴직금이 1천만원이라면 1천만원 기준으로 원천세 신고를 해야 하나, 실제 퇴직금이 2천만원이므로 추후 연금사에서 원천세 신고를 할 때는 2천만원으로 퇴직금 신고를 해야 할 것으로 보여지며, 기존에 지급한 1천만원에 대한 세금과의 차액에 대해서만 원천징수를 해야 할 것으로 보여집니다.