수입통관 및 물품인도 후 잘못 배송된 품목이 있을때?

안녕하세요.

이번에 수입을 진행하였는데, 배송받은 품목 중 일부 품목이 잘못 입고가 되었습니다.

수입처에서 잘못온 물품을 샘플로 처리한 인보이스를 다시 보내줬는데 이 수정 인보이스로 수입신고필증 정정 진행해야 되는건지 궁금합니다. 원칙적으로는 정정 인보이스로 수정되어야 하는데 운송업체에서 굳이라는 반응을 보여서..궁금합니다.

그리고 수입대금은 이미 송금한 후라 정정인보이스와도 금액 차이가 $4,000 정도 납니다.

이 금액에 대해서는 수입처에서 크레딧노트를 발행받고 다음 주문건에서 그 금액을 제하고 송금하면 되는건가요??아니면 서로 얘기가 이루어졌다면 그냥 크레딧 안받고 해당금액을 차감하고 송금해도 되는지 궁금합니다.

도움 부탁드립니다 감사합니다.