귀 질의의 사실관계만으로는 명확히 판단이 어려우나, 고용노동부 유연근로시간제 가이드에 따르면 '탄력적 근로시간제를 도입하더라도 야간근로나 휴일근로에 대하여는 가산수당을 지급하여야 한다'고 정하고 있는 바, 일요일에 야간 근무하였다면 휴일 및 야간근로에 따른 수당을 청구할 수 있을 것입니다.
탄력적 근로시간제를 실시하는 경우, 토요일과 일요일 중 주휴일이 아닌 1일에 소정근로시간을 하는 것으로 설정해야 합니다.
이 경우 1주차 소정근로시간은 48시간, 2주차 소정근로시간은 32시간이 되므로 기본급은 1주 평균 40시간 기준으로 계산하고, 토요일과 일요일 중 1)소정근로시간을 근무한 날은 8시간을 초과한 2시간에 대해 연장근로수당이 발생하며, 2)나머지 1일은 휴일근로로서 휴일근로수당이 발생합니다.