5월 연말정산 재신고 가능할까요?

안녕하세요. 다름이 아니라 이경우 어떻게 해야하는지 궁금합니다. 제가 작년 4월부터 직능급을 기존에 받는 직능급보다 더 받아서 올해 4월까지 약 1100만원을 더 받았습니다. 이 사실을 알고 회사에 올해분 200만원을 요번달 월급에서 공제했고 작년분 900만원이 남아있는 상태입니다. 그래서 900만원을 반환하고 올해 5월 연말정산 수정신고 할려고 하는데 작년 원천징수 수정 후 소득신고 수정을 하여 소득세 추가 납부한 부분을 돌려받을수있을까요?

+ 회사측에서 작년 소득금액 수정을 꺼려하는데 이 부분은 어떻게 해야하나요?