특별자치도는 명칭대로 도의 자치권한을 강화한 것입니다.
일반도와 다르게 특별자치도는 도지사가 대부분 업무를 직접 관할하며 중앙정부의 간섭을 상당부분 줄일 수 있습니다.
또한 제주도의 경우처럼 별도의 기초자치단체를 두지 않아도 됩니다(현재 제주도는 서귀포 시장과 제주 시장이 폐지되었습니다.).
도의 자치권한을 강화한 것의 예를 들면 강원특별자치도는 그간 환경부가 진행했던 환경영향평가 등을 강원도가 직접 수행할 수 있으며, 전북자치도는 중앙부처에 특례를 요구할 수 있고 이에 따라 감사 특례가 부여되면 중앙부처의 감사를 받지 않는 감사위원회를 별도의 독립기구로 설치할 수 있습니다.
따라서, 기존의 도의 경우 행안부의 간섭을 크게 받지만, 특별자치도는 그러한 간섭에서 벗어나 자유롭게 지방자치를 할 수 있는 것이 특징입니다.