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적멸보궁이란 부처님의 진신사리를 모신 법당을 말한다.
부처님의 진신사리를 모셨으므로 불단(수미단)은 있지만 불상이나 후불탱화를 모시지 않은 것이 특징이고, 다만 이 법당의 바깥이나 뒤쪽에는 사리탑을 봉안했거나 계단(戒壇)을 설치한 경우가 많다.
적멸보궁하면 자장율사의 5대보궁을 주로 열거하나, 그 외에 금강산 건봉사, 대둔산 안심사, 지리산 법계사, 선산 도리사 등 많은 적멸보궁이 있다.
《삼국유사》의 기록에 의하면 신라의 자장율사가 646년 (신라 선덕여왕 15년)에 당나라에서 선량산의 문수살상 앞에서 기도를 드리다가 문수보살을 친견하고, 그 화현 보살로부터 석가모니 부처님의 진신사리와 금란가사 1벌을 받아 귀국하여 신라의 대국통(大國統)이 되어 왕명에 따라 당시에 계율종의 본산인 통도사를 창건하였으며, 그 사리를 삼분하여 각각 황룡사탑과 통도사 계단에 봉안하였다고 한다.
자장율사의 5대 적멸보궁은 양산의 통도사, 오대산 상원사, 설악산 봉정암, 사자산 법흥사, 태백산 정암사이다.
이 중 태백산 정암사를 제외하고는 모두 자장율사가 당나라에서 귀국할 때 친히 가져 온 부처님의 사리를 봉안하였는데, 정암사의 적멸보궁은 임진왜란 때 사명대사가 왜적의 노략질을 피해 통도사 적멸보궁의 진신사리를 나누어 봉안한 곳이라고 한다.