방광염의 치료에는 주로 항생제 치료가 효과적으로 사용됩니다. 특히 남성과 젊은 여성에게는 짧은 기간의 항생제 치료가 권장됩니다. 항생제 치료 후에도 증상이 호전되지 않는 경우, 퀴놀론계 항생제를 7일 이상 투여할 수 있습니다. 그러나 항생제 내성균에 감염된 경우에는 정맥주사 항생제를 고려해야 할 수 있습니다. 반복적인 방광염 증상이 나타나는 경우, 저용량의 항생제를 3개월에서 6개월간 복용하거나 방광 면역 증강제를 고려하는 경우도 있습니다. 또한 방광 자극 증상을 완화하기 위해 온수 좌욕이나 항콜린제 및 진정제를 사용할 수 있습니다.
방광염은 대부분 적절한 항생제로 비교적 쉽게 치료할 수 있습니다. 방광에 영구적인 손상이 남는 경우는 드뭅니다. 대부분의 환자는 항생제 치료를 시작한 후 72시간 이내에 증상의 호전을 경험할 수 있습니다. 그러나 가끔 균이 상부 요로로 올라가 신장에 영향을 미치는 경우도 있어 신우신염이나 신장 농양이 발생할 수 있습니다. 감염이 혈액으로 퍼질 경우, 패혈증의 위험이 있으므로 주의가 필요합니다.