중도퇴사자 원천세신고 누락 어떻게 해야할까요?

올해 1월에 입사해서 한달 정도 잠깐 다니다가 퇴사한 직원이 있습니다.

급여는 1월, 2월 지급했고 급여가 크지 않아 1월 급여에서 소득세 3천원 정도 공제, 2월 급여에는 소득세가 발생하지 않았습니다.

문제는 마지막 급여인 2월에 중도퇴사자 연말정산을 하고 1월에 공제했던 3천원을 급여 지급 시 모두 환급해줬어야 하는데 실수로 연말정산을 하지 않았고, 2월귀속 2월지급 원천세 신고에도 중도퇴사로 반영 신고를 못한걸 이제야 발견했습니다.

지금이라도 연말정산 처리해서 제대로 원천세 신고하고 3천원을 환급해 주려고 합니다.

1. 원천징수영수증의 영수일자를 10월로 하고, 10월귀속 10월지급 원천세 신고 시 중도퇴사로 포함하여 신고해도 문제가 안될까요?

2. 추가납부가 아니라 환급인데 이럴 경우 가산세는 없는게 맞을까요?

답변 부탁드립니다!