부가세 신고시 세금계산서로 받는것과 신용카드로 물품구매한것과의 차이점이 있나요?

개인 사업자입니다.

보통은 현금결제로 전자세금계산서를 발행받아 쉽게 신고를 했었는데요 이번에 신용카드를 만들면서 카드로 결제를 조금 했었습니다. 그런데 이번 홈텍스에서 부가세신고를 하려고 하다보니 신용카드로 물품 구매한건은 선택불공제로 하여 자동 포함이 되어있질 않더라구요.

신용카드로 업종에 관련한 물품대금 결제를 하였는데 매입자료로 선택하여 넣으면 차후에 세금계산서를 받아서 매입이 생긴거에 비해 안좋은점이 있나요?

세금계산서를 받는것과 신용카드 결제로 매입자료에 넣는것과의 차이점좀 알려주시면 감사하겠습니다.