고려말 왜구의 침입이 가장 심각했습니다. 이는 일본이 남북조 나누어 전쟁을 벌이고 있었는데, 천황이 남쪽으로 밀려나 북조와 대립하면서 지방 통제력이 약화되자 남조의 주민들 일부가 해적 활동에 나선 것입니다.
1350년(고려 충정왕 2년)부터 시작하여 공양왕때까지 침입하여 노략질을 일삼았는데, 공민왕 때는 동해, 서해, 남해 연안뿐만 아니라 내륙까지 침입하였습니다. 공민왕 때 왜구가 침입한 횟수는 115회나 됩니다. 그리고 우왕 때는 무려 378회나 침입한 것으로 기록되고 있습니다.
조선 건국 이후에도 왜구 침입이 계속되었습니다. 이에 태조 이성계는 "나라의 근심이 왜구만한 것이 없다'라 할 정도입니다. 이에 조선 초에 왜구 근절을 위해 일본에 사신을 파견하고 왜인들을 적극적으로 귀화, 3포를 개항하여 교역하거나 토벌하기도 하였습니다.