제1종 국민주택채권의 이율은 채권의 발행 당시의 국채·공채 등의 금리와 국민주택기금의 수지상황 등을 참작하여 기획재정부장관이 국토교통부장관과 협의하여 정한다. 제1종 국민주택채권의 원리금은 발행일로부터 5년이 되는 날에 상환하며, 이자는 그 발행일로부터 상환일 전일까지 1년 단위의 복리로 계산하되, 매출일로부터 발행일 전일까지의 이자는 매출시에 지급한다.
제2종 국민주택채권의 이율·상환일·상환조건 등은 기획재정부장관이 국토교통부장관과 협의하여 따로 정하되, 원리금의 상환일은 그 발행일로부터 20년을 초과할 수 없다. 국민주택채권은 원칙적으로 중도에 상환할 수 없다.
국민주택채권의 매출 및 상환업무 등은 국토교통부장관이 지정하는 금융기관(이하 '국민주택채권사무지정취급기관')이 이를 취급한다. 국민주택채권사무지정취급기관의 장은 매월의 국민주택채권의 매출 및 상환에 대한 사항을 다음 달 20일까지 기획재정부장관에게 보고하여야 한다. 국민주택채권사무 취급기관은 국민주택채권의 종류별로 국민주택채권원부를 비치하고 일정한 사항을 기재하여야 하며, 국민주택채권원부는 본점에 비치한다.