권리금은 양도자와 양수자의 입장에서 다른 세금처리를 해야 합니다. 양도자는 권리금에 대해 세금계산서를 발행하고 부가세와 종합소득세를 신고·납부해야 하며, 양수자는 권리금 중 일부를 기타소득으로 원천징수하고 나머지를 대금으로 지급해야 합니다. 또한 양수자는 권리금을 무형자산으로 등록하여 감가상각할 수 있습니다.
이러한 세금처리는 법적으로 정해진 것이므로, 양도자와 양수자 모두 신고의무를 이행해야 합니다. 만약 권리금을 미신고하거나 잘못 신고할 경우, 가산세나 벌금이 부과될 수 있습니다.