방울토마토가 비타민A 함량이 일반 토마토보다 2배 이상 높고, 철분, 칼슘, 아연 식물성 섬유 등 비타민과 미네랄 함유량도 일반 토마토보다 소량 높다. 일반 토마토는 붉어지기 전 수확하지만, 방울 토마토는 빨갛게 익었을 때 수확하기 때문에 이런 차이가 생기는 것. 방울토마토가 일반 토마토보다 플라보노이드 함량도 4~6배 가량 높다. 게다가 플라보노이드는 껍질에 풍부한데, 같은 양을 먹었을 때 방울토마토를 먹으면 더 많은 껍질을 먹을 수 있다. 플라보노이드는 콜레스테롤 수치를 개선해 혈관 벽을 보호하며 혈액순환을 원활하게 한다.
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