12월 31일 퇴사자 중도퇴사 원천세신고 후 연말정산?

안녕하세요

작년 12월 31일까지 근무한 퇴사자를 1월 10일에 중도퇴사자로 원천세신고 후 세금환급액은 지급하지 않았습니다

이후 해당직원이 연말정산 요청하여 환급액 지급하였는데 그럼 1월 신고한 원천세신고를 수정신고해야할까요..??

연말정산 시 나온 금액에서 연말정산 전 1월에 잡아두었던 소득세 및 지방세 금액을 차감하는것이 아니라 연말정산을 했다면 연말정산 전 금액이 아닌 연말정산 후 금액이 해당 퇴사자의 최종세금으로 잡아야한다고해서 연말정산 후 나온 금액을 그대로 지급했습니다ㅠㅠ