방울토마토에 더 많은 영양소가 들어 있다. 방울토마토는 큰 토마토보다 비타민B군·비타민C·칼륨·식이섬유가 1.5~2배 많고, 리코펜은 3배나 많다. 또 '토마토 사포닌' 성분도 3~5배 더 들어 있다. 토마토 사포닌은 항산화·항알레르기·살균·면역력 향상 등의 효과를 가진다. 시중에 판매되는 토마토 주스로는 토마토 사포닌을 충분히 섭취하기 어려우므로 방울토마토를 먹는 것이 바람직하다.
방울토마토 껍질에는 항산화 물질인 플라보노이드가 풍부하다. 플라보노이드는 콜레스테롤 수치를 개선해 혈관 벽을 보호하고, 혈액순환을 원활하게 한다. 방울토마토는 큰 토마토보다 껍질 비율이 높기 때문에, 같은 양을 먹어도 더 많은 플라보노이드를 섭취할 수 있다.
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