큰 토마토보다 방울토마토의 영양가가 더 높다. 방울토마토는 큰 토마토에 비해 비타민B와 C, 칼륨과 식이섬유가 1.5에서 2배 많고 라이코펜은 3배나 많다. 라이코펜은 붉은색의 색소로 카로티노이드의 일종이다. 카로티노이드는 황산화력이 매우 강해 활성산소를 효과적으로 없앤다. 라이코펜의 항산화 능력은 매우 강해 주황색인 베타카로틴의 2배, 비타민E의 100배에 달한다. 피부 미용 효과는 물론, 세포 노화 방지에 효과적이다. 특히, 방울토마토는 ‘토마토 사포닌’이 3배 더 풍부하다. 토마토 사포닌은 항산화 작용이 뛰어나고 살균 및 면역력 증진 효과가 높다. 방울토마토 껍질에는 플라보노이드가 많이 함유돼 있다. 이는 항산화 물질로 콜레스테롤 수치를 낮춰주고, 혈관 건강을 개선해 혈액순환도 원활히 돕는다. 방울토마토는 토마토보다 껍질이 많아, 같은 양을 먹어도 플라보노이드 더 많이 섭취할 수 있다.
방울토마토는 비타민과 미네랄 역시 토마토보다 더 풍부하다. 칼륨이 풍부해 부기 해소에 탁월하고 고혈압을 예방한다. 골다공증을 예방하는 칼슘과 마그네슘도 있다. 특히, 빈혈 예방에 효과적인 철분과 몰리브덴이 있어 갱년기·산후 여성에게 좋은 간식이다. 비타민A와 B, C도 풍부해 눈 건강, 피부 미용, 피로 개선 효능이 있다.