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정여립이 서인 출신이었지만 동인으로 전향합니다. 이에 서인은 정여립을 배신자로 여기고, 선조조차 정여립을 스승(율곡 이이)를 배반한 자라고 못마땅하게 여깁니다. 이때 정여립이 조직한 대동계를 구실로 모반의 고변이 사건화 되어 기축사옥이 일어납니다.(1589) 그런데 여기에 서인을 대표하여 정철이 수사 책임자가 되어 역모 사건을 키우고 동인 1000여명이 죽게합니다. 이를 계기로 서인이 정권을 잡게되죠.
그런데, 동인도 복수할 기회가 찾아 옵니다. 바로 세자 책봉 문제(건저의)입니다. 왕비가 자식을 낳지 못해 오래동안 세자가 공석으로 있어 세자 책봉 문제는 수면으로 떠오릅니다. 동인의 이산해, 류성룡, 서인의 정철은 합의하여 선조에게 후궁 광해군을 세자로 책봉할 것을 건의합니다. 이때 정철이 앞장서고 두 사람은 모른체 합니다. 그러나 선조는 어떻게든 적장자를 낳을 생각하고 있어 정철의 말이 괘씸하다 여겨 그를 파직해버립니다.(1591, 건저의 사건)
이때 정철의 처벌을 놓고 동인 중 기축사옥으로 피해가 커 강경한 처벌을 주장하는 쪽이 북인(조식 문하)과 비교적 피해가 덜해 온건한 처벌을 주장하는 쪽이 남인(이황 문하)으로 나누어집니다.
