추가로 지불한 부가세를 환불 받는 경우 회계처리

안녕하세요.

법인회사에 근무 중인 직원입니다.

저희 회사에서 물품을 구매할 때 부가세 포함인 것을 몇 년간 별도로 구매해왔습니다.

다시 말해

1,000원만 내면 되는 것을 몇 년 동안 1,100원씩 내온 것인데요.

몇 년 동안 더 낸 부가세에 해당하는 금액은 100만원 미만입니다.

이 금액을 환불 받을 경우 업체에 (-)세금계산서 발행 요청하면 되는지요?

감사합니다.