왜 공공기관은 각각 임금과 복지제도가 서로 다르게 설계되어 있을까요?

기획재정부에서 매년 임금인상률을 정할 때 공공기관별로 각각 정해주는게 아니라 일률적으로 정합니다. 그러면 이미 임금이 높은 기관과 임금이 낮아 좀 더 올려야 하는 기관과의 형평성에 문제가 생길 수 있어요. 그럼에도 이런 현상이 나타나도록 설계된 원인이 무엇일까요? 물론 하는 일의 종류가 다르긴 하지만 공공기관 직장인들이 서로 임금이 차이가 나야 하는 큰 특수성이 갈린다고는 생각하지 않기에 궁금합니다.