개인사업자 연말정산이 궁금합니다?

근로소득자이면서 개인사업자(일반)를 가졌을경우 연말정산을 어떻게 해야하는지 궁금합니다.

회사에서 받는 소득에 대해서는 회사에서 연말정산을 하지만, 개인사업자 관련한 매출&매입시에는 5월 종합소득세때 신고하는걸로 알고있습니다.

* 공제받을 수 있는 카드나 의료비 같은 경우 회사 연말정산으로는 기본공제만 받고 개인사업자 종합소득세 신고시에 의료비, 카드공제 등 기타공제를 개인사업자쪽에서 받을 수있는건가요 ?