합의서를 작성하는 경우 민사소송이 취하되나요?

안녕하세요

현재 사업주의 퇴직금 미지급으로 소송을 진행중에 있습니다.

소멸시효가 거의 다 된 사건이라 고용노동부에 신고하면서 민사소송을 진행하였고,

소송은 현재 이행권고결정이 피고에게 도달된 상황입니다.

현 상황에서 사업주가 3개월에 걸쳐서 퇴직금을 지급하겠다며 합의서를 쓰자고 하는데,

저는 소송을 해도 시간이 오래 걸릴 것 같아서 합의서를 쓰고싶긴 하지만,

사업주가 합의만 하고 돈을 지급하지 않을까봐 걱정이 됩니다.

만약에 합의서를 작성하면 민사소송은 합의가 이루어졌기 때문에 저절로 취하되나요?

소송이 취하되면 소멸시효 문제가 다시 발생될까봐 걱정됩니다.

답변부탁드립니다.