밀가루를 소화하지 못하는 경우는 주로 글루텐에 대한 민감성, 알레르기, 또는 셀리악병과 같은 질환에서 기인합니다. 글루텐은 밀가루에 포함된 단백질로써, 일부 사람들에게는 면역 반응을 유발하여 장내 염증을 초래할 수 있습니다. 이러한 염증은 장의 기능을 저하시켜 영양소의 흡수를 방해하고, 결과적으로 소화 불량이나 복통 등의 증상을 유발할 수 있습니다. 또한, 일부 사람들은 밀가루에 포함된 다른 성분에 대해서도 민감성을 보일 수 있으며, 이로 인하여 밀가루가 포함된 음식을 피하게 되는 경우가 많습니다.