2025년 2차 드래프트에서는 몇 가지 변화가있는데 첫째, 지명 대상에서 제외되는 선수 범위가 확대됩니다. 기존에는 입단 1~3년 차 선수, 육성선수, 군 보류 선수 등이 자동으로 제외되었지만, 이제는 입단 4년 차 육성선수 중 군 보류 이력이 있는 선수도 지명 대상에서 제외됩니다. 이는 군 복무로 인해 충분한 육성 기회를 얻지 못한 선수들을 보호하기 위한 조치로 풀이됩니다.
둘째, 2차 드래프트를 통해 팀을 옮긴 선수에게는 1군 의무 등록 기간이 적용됩니다. 1라운드 지명 선수는 50일, 2라운드 지명 선수는 30일의 의무 등록 기간을 채워야 합니다. 이는 2차 드래프트로 영입한 선수에게 즉시 전력으로서의 기회를 부여하고, 드래프트의 효과를 극대화하기 위한 방안입니다. 또한, 의무 등록 기간을 채우지 못하고 임의해지되는 경우, 복귀 후 잔여 기간 내 의무 등록을 충족하도록 하여 선수 활용의 유연성을 높였습니다.
35명까지 보호 선수를 등록할 수 있으며 지명 순서는 전 시즌 성적의 역순으로 이루어집니다.