main character와 protagonist의 차이는 전자는 '중심인물'에 그칠 수 있지만 후자는 이야기를 끝까지 이끌어가는 역할을 하는 인물입니다. 따라서 주인공은 protagonist로 쓰시면 되겠습니다.
문장 내에서는 문맥에 따라 두 단어를 혼용하셔도 되겠으나(주인공을 중심인물에 포함하여 소개할 때라면), 주인공은 누구인지를 밝히고 그 후에는 캐릭터의 이름을 사용하시면 좋겠습니다. ^^
영화 <매트릭스>를 예로 들자면 프로타고니스트는 네오이고 메인 캐릭터는 트리니티와 모피어스로 보시면 될 것 같습니다.
