근로소득만 있는 개인사업자 종합소득세 질문?

2018년 4월 개인사업자 휴업을 하고 회사에 취직해서 근로소득을 받고 있습니다.

2019년에 2018년 귀속분에 대해 종합소득세 신고할때 2018년 3월까지 지급받은 사업소득과 그 이후에 받은 근로소득까지 모두 소득으로 잡혀 세금을 꽤 많이 냈습니다.

2019년도에는 당연히 휴업중이니까 체크를 안했는데,

11월에 종합소득세 중간예납 고지서가 왔더라구요.

별 생각없이 납부를 하고 지금 살펴봤는데...

휴업일이 2019-03-31까지로 되어있어서 중간예납 고지서가 날라온거더라구요.

휴업일자를 미리 체크하지 못한게 속상하네요.

지금까지도 사업소득은 없고 근로소득만 있는데,

이 경우 5월 종합소득세 신고할때 중간예납으로 납부한 기납부세액을 돌려받을 수 있나요?

아니면 작년과 마찬가지로 사업소득은 없지만 근로소득이 있어서 근로소득이 또 소득으로 잡혀서 근로소득분에 대해서 세금을 납부해야 하는건가요?

근로소득으로 연말정산을 하는데 종합소득세에 또 포함이 되면 세금을 이중납부하는게 아닌가 싶어서요.

그리고 만약 휴업중인 상태였다면 당연히 중간예납 고지서는 안날라왔을텐데,

이 경우에도 근로소득이 종합소득세 신고시 소득으로 잡히나요?

혹시 지금 폐업을 하게되면 기납입한 중간예납 금액은 돌려받을 수 있나요?