상속지분만 등기가능한가요? 또 상속지분만 등기시 장단점은?

친정아버지는 2007년에 돌아가셨고요. 친정어머니께서 24년 3월21일에 돌아가셨습니다.채무는 없고 아파트 한채를 남기고 가셨는데 저희 형제가 3형제인데 협의가 되지 않아 전 제 지분대로 상속세를 내고 등기를 하려고 합니다. 그렇게 하기 위해서는 주의해야 할 점이 있는지요? 참 그 아파트에 동생이 몰래 3천3백만원 채권설정을 해 놓았더라고요. 그럴때는 아파트 값에서 빼고 셋이서 나누어야 하는건가요? 아님 지분에서 채권값을 빼고 몫을 가져가면 되는건가요?