부가세 금액을 어떻게 계산을 해놔야 맞는걸까요??

하기 이미지처럼 사업이 진행된다고 했을 경우,

A, B의 사회적기업 입장에서는 5천만원에 대한 부가세 금액(500만원)을 사전 계산해 놓고,

4,500만원으로 자재비와 인건비를 지급하면 부가세 부분에 대한 업무는 마무리 되는 것인가요??

아니면 5천만원에서 2,700만원과 인건비를 최종 정산하고 남은 금액인 @(기업이윤)에 대해서 부가세를 정산하는 것이 맞는 것인지 궁금합니다.