수기로 발급된 세금계산서는 별도 신고만 할 경우 문제는 없는건가??

LH 주택개보수(경보수) 사업을 진행하다보니, 회사에서 외주로 발주를 주는 거래처가 다수 있습니다.

그 중 한곳의(회사 인근 거리에 그 거래처만 저희 회사가 필요한 제품 제작이 가능함) 거래처 사장님이 항상 전자세금계산서가 아닌 수기로 세금계산서를 발급해 주고 있습니다.

이럴 경우 저희 회사 입장에서는 부가세 신고시 수기 세금계산서로 별도로 신고를 해야 되는 번거로움이 있고, 수기로 발급하다 보니 그 거래처에서 정상적으로 국세청으로 신고를 하고 있는지에 대해서도 부정적인 생각이 계속 드네요.

거래처에서 수기로 계속 세금계산서를 발급하는 경우, 회사 입장에서 수기 세금계산서로 별도 신고만 하면 다른 문제는 없는건가요??