자영업 부가세 어떤게 포함되는지 궁금합니다

부가세를 계산 할시에 매출-매입=차액 으로 계산 하는데 이때 매익과 세액에 순수재료비만 들어가는게 보통인가요? 아니라면 경비 인건비 임대료 보험 등등 뭐 이런것도 같이 들어가는게 일반적인가요?
또한 창업시에 권리금 인테리어에 드는 비용등은 부가세,종합소득세때낼때 세금에 대한 처리는 어떤방식으로 이루어지는지 궁금합니다