수고하셨습니다, 수고하세요는 동년배나 아랫사람에게는 쓸 수 있어도 윗사람에게 쓰기엔 부적절한 말이라는 인식이 있습니다.
수고하세요는 힘들게 일이나 하라는 뜻으로 받아들여질 수 있고
수고하셨습니다는 윗사람에 대한 평가로 받아들여질 수 있다는 것 때문입니다. 사회의 분위기라는 것도 있습니다.
고생하셨습니다도 윗사람에게 사용하기에는 좀 그렇다고 합니다. 실제로 고생하세요라고 하니 윗상사분이 싫어하더라구요.
둘차이는 없고 비슷하게 상사에게 사용하기는 부적절한 표현같군요.
안녕히 계세요, 먼저 가보겠습니다, 내일 뵙겠습니다 이런 인사가 무난할듯 합니다.