회사가 회사의 지시사항을 이행하던 직원을 고발할 수 있나요?

회사 대표가 지시한 것을 이행하다가,

또는 내부 부서 간 합의를 통해 업무를 진행하다가,

갑작스러운 시황 변동으로 인해 회사의 실적이 좋지 않아지고,

유휴재고가 쌓여 재무 건전성이 악화하는 등의 상황에 대해,

책임을 그 직원에게 묻고 형사고발까지 하겠다고 합니다.

이 경우, 형사 고발이 성립될 수 있는 지 궁금합니다.

물론, 당사자는 그렇게 지시한 적이 없다고 주장하고 있으며,

아쉽게도 지시한 서면 증거는 거의 없는 상황입니다.