전공의노조는 현재 전국 단위 조직으로 지난 2006년 결성한 직종별 노조인 '대한전공의노동조합'이 활동하고 있다. 그러나 결성 이후 부침을 겪으면서 저조한 가입률과 활동으로 '유명무실'하다는 평가를 받았다. 지난 2020년 전공의 단체행동 당시 전공의 단체협상권이 강조되면서 한때 조합원이 급증했으나 현재 활동하는 조합원은 극소수다. 전국 단위 노동조직은 병원별로 계약해 3~4년 단기간 근무하고 '탈퇴'하는 전공의 특성상 즉각적이고 유연한 현안 대응이 어렵다는 지적을 받아왔다.