큰 상관은 없지만 기상 후 양치를 하고 물을 마시는 것이 낫습니다. 밤 사이 구강 내에서 세균이 매우 많이 번식을 한 상태인데 이대로 물을 마시게 되면 세균이 위, 장내로 들어갑니다. 보통의 경우에는 큰 상관이 없지만 경우에 따라서는 세균 감염 등을 유발할수도 있습니다.
아침에 기상을 한 뒤에 물 한잔을 마시는 것은 자면서 손실된 수분으로 인한 체액 손실을 보충해주고 몸의 대사를 자극하여 긍정적인 효과가 있는 것이 맞습니다. 또한 질문자님께서 말씀하신 것과 같이 기상 후 물 한 잔 마시기 전에 양치를 하고 마시는 것도 밤 사이 구강에 증식한 미생물을 제거하여 해당 미생물들을 섭취를 막아주기 때문에 매우 좋은 방법입니다. 다만 어차피 위산에 의해서 사멸될 것들이기 때문에 양치를 안 하고 물을 마신다고 막 큰 문제가 생기지는 않습니다.